De flesta PhD-studenter på danska universitet är anställda av staten och har ett anställningskontrakt med den institution de forskar på. Undantaget är vissa externt tillsatta forskarstudenter som kan vara anställda av andra offentliga institutioner eller av privata fonder. Forskarstudenten är emellertid alltid knuten till ett universitet.

PhD-stipendiatet är den vanligaste doktorandanställningen i Danmark. Utbildningen är treårig och då ingår ett halvårs studier av relevanta kurser. Antagningskrav är en femårig dansk kandidatexamen eller likvärdiga kvalifikationer (till exempel genom utländsk utbildning). Vid ansökan läggs vikt vid sökandens akademiska kvalifikationer, forskningsprojektets karaktär och på vilket sätt det kan ingå i fakultetens forskning, samt om det finns tillgängliga resurser och handledare för att kunna ta på sig utbildningsuppgiften.

Kandidatstipendiater måste ha samma kvalifikationer som PhD-stipendiater, samt minst två års arbetslivserfarenhet. Vanligtvis har kandidatstipendiater sysslat med någon typ av meriterande forskning innan de börjar sin PhD-utbildning, till exempel som forskningsassistent och de befinner sig på en högre kunskapsnivå än PhD-stipendiaterna i utgångsläget. Kandidatstipendiaterna är därför anställda under en kortare period, vanligtvis två och ett halvt år, men de kan även vara anställda så kort som ett halvår.

Fyra plus fyra-systemet tillämpas endast på Syddansk universitet och Århus universitet och då mest för PhD-studerande inom naturvetenskapliga ämnen. Systemet innebär att den studerande börjar forska direkt efter bachelor-graden på grundutbildningen, det vill säga efter tre år i stället för fem. Den totala studietiden på åtta år blir lika lång som för PhD-stipendiater, men fyra plus fyra-PhD-studenter är bara anställda de två sista åren av sin utbildning. För att de inte ska halka efter i löneutvecklingen som beräknas på antal arbetsår kompenseras de ofta genom lokala lönetillägg på enskilda lärosäten.

Det danska Ministeriet för Videnskap Teknologi og Udvikling har gjort en satsning på samarbete mellan näringsliv och forskning som kallas för Erhvervs PhD-initiativet. Syftet med initiativet är att utbilda forskare som har insikt i de yrkesmässiga aspekterna av forskning och utveckling samtidigt som man hoppas kunna stärka utvecklingen inom danskt näringsliv och forskning genom personliga nätverk mellan företag och danska eller utländska forskningsinstitutioner. I utbildningens avslutande rapport ska PhD-studenterna dokumentera den kommersiella aspekten av projektet och visa sin förmåga att göra samband mellan praktiska och teoretiska frågeställningar.

Ehrvervsinitiativets PhD-utbildning är treårig och innefattar Ministeriet for Videnskab, Teknologi og Udviklings (VTU) särskilda ErhvervsPhD-kurs. PhD-studenter som deltar i utbildningen är inte som övriga PhD-stipendiater statligt anställda utan anställda privat av det företag som samarbetar med forskningsinstitutionen. De är dock alltid inskrivna vid ett lärosäte.

Företag och universitet som vill delta i ehrvervsinitiativet kan ansöka om bidrag hos Ministeriet för Videnskap Teknologi og Udvikling om egna medel inte täcker utgifterna. Se "Vejledning til erhvervsphd-initiativet"

Internationalisering var ett av nyckelorden i samband med att forskarutbildningen gjordes om i Danmark 1993. Förutom att uppmuntra utlandsvistelse för alla PhD-studenter startades också ett särskilt stipendieprogram som vänder sig till studenter som vill läsa hela sin forskarutbildning vid ett utländskt lärosäte. Målet var att ge etthundra unga danskar om året möjlighet att forska på internationellt välrenommerade universitet.

Programmet är elitistiskt och urvalskriterierna betonar hög kvalitet på den ansökandes akademiska meriter, forskningsprojektets originalitet och utbildningsmiljön där stipendiaten ska utföra sin forskning. Den kandidaten som bäst uppfyller kvalitetskriterierna får stipendiet och ingen rättvisefördelning görs mellan olika forskningsämnen.

Stipendiaterna inom internationaliseringsprogrammet är anställda av danska staten. De får en fast, skattefri lön under tre år som är pensionsgrundande och som för närvarande (2004)ligger på 18180 Dkr i månaden.

Antal PhD-studerande som fick statliga medel för att läsa sin forskarutbildning i utlandet var 210 stycken år 2001. Utöver det finansierar en hel del sina forskarstudier i utlandet på andra sätt. Från och med år 2003 finansierar internationaliseringsprogrammet även inresande PhD-studerande som vill forska i Danmark.

Sedan den 1 april 2004 följer PhD-studenternas löner den statliga löneskalan för akademiker. Skalan har olika steg och lönen höjs beroende på hur många år man har arbetat. Tidigare hade PhD-stipendiaterna en fast summa under alla tre år som utbildningen pågick. Vid omstruktureringen bestämdes att de skulle omfattas av den statliga löneskalan, med begränsningen att de högst får gå in på lönegrad fem, oavsett tidigare arbetslivserfarenhet. Stipendiaterna som kommer direkt från grundutbildningen börjar på lönegrad tre, vilket i realiteten betyder en lönesänkning under de två första åren jämfört med den fasta summan  i det gamla systemet. För jämna ut skillnaden får PhD-stipendiaterna ett lönetillägg under dessa år. Skatt betalas både på lön och på lönetillägg.

I faktiska siffror får en nyanställd PhD-stipendiat utan arbetslivserfarenhet en månadslön på 18 620 Dkr under första året och 21 790 Dkr under sitt tredje och sista år som anställd. Det fasta lönetillägget är 2127 Dkr första året och 709 Dkr andra året.

Begränsningen i löneskalan gäller inte kandidatstipendiater. Med normalt sett två års relevant arbetslivserfarenhet går de in på samma lön som PhD-stipendiaterna slutar på, 21 790 Dkr i månaden. Det fasta tillägget för kandidatstipendiater ligger på samma nivå som för forskningsassistenter: 2457,91 Dkr i månaden. 

Arbetstid, semester och tjänstledighet

Forskarstuderandens huvudsakliga arbete består av att forska och skriva på sin avhandling. Dessutom är hon eller han förpliktigad till att arbeta på institutionen med till exempel undervisning, biblioteksarbete eller annat forskningsarbete som kan avlasta den övriga personalen. Totalt ska 840 timmar institutionstjänstgöring utföras på tre år. Institutionen måste betala ut full lön även om alla arbetstimmar inte utnyttjas, om det inte finns ett gemensamt avtal om nedsatt arbetstid. En doktorand kan vid särskilda skäl beviljas nedsatt arbetstid mot en motsvarande nedgång i lön. Det finns dock en risk att arbetsgivaren förhandlar bort arbetstid för att spara pengar och därför måste nedsatt arbetstid ha en konkret och välgrundad orsak. Om alla arbetstimmar avtalas bort innebär det att lönen sänks med 1/6 under hela stipendiatperioden.

Det är också möjligt för en PhD-studerande att avtala om att arbeta mer än 840 timmar, under förutsättning att det är förenligt med studierna.

Forskarstudenter har rätt till fem veckors semester per år, plus ytterligare fem särskilda feriedagar. Semesterersättning är 12,5 procent av lönen. Tjänstledighet utan lön kan beviljas om det sker i samförstånd mellan doktoranden, utbildningsinstitutionen och anställningsmyndigheten